Groupe6:
L'Algérie, la Gambie et le Sénégal luttent de bout en bout pour la première place, dans un groupe ou les points pris à l'extérieur sont rares. Lors de l'ultime journée, l'Algérie possède 1 point d'avance sur le Sénégal et la Gambie qui se rencontrent à Dakar. Kader Mangane croit donner la qualification aux Lions de la Teranga en ouvrant le score à la 65e minute, mais la Gambie pousse et égalise à 5 minutes de la fin. Les deux équipes sont néanmoins éliminées et c'est l'émeute au Sénégal, tandis que l'Algérie obtient un nul suffisant au Libéria.
Groupe7:
Parcours solide de la Côte d'Ivoire qui termine invaincue. Le Mozambique se qualifie in extremis en battant le Botswana 1-0 lors de la dernière journée, grâce à une meilleure différence de buts que celle de la Gambie, deuxième du groupe 6.
| Equ. | MJ | G | N | P | BP | BC | Pts | |
 | Côte d'Ivoire * | 6 | 3 | 3 | 0 | 10 | 2 | 12 |
 | Mozambique * | 6 | 2 | 2 | 2 | 7 | 5 | 8 |
 | Madagascar | 6 | 1 | 3 | 2 | 2 | 7 | 6 |
 | Botswana | 6 | 1 | 2 | 3 | 3 | 8 | 5 |
Groupe8:
Le 29 juillet 2008 l'Éthiopie, qui faisait initialement partie de ce groupe, a été suspendu par la FIFA et ses résultats annulés1. Le Maroc et le Rwanda remportent chacun 3 victoires sur 4 et se qualifient.
| Equ. | MJ | G | N | P | BP | BC | Pts | |
 | Maroc * | 4 | 3 | 0 | 1 | 11 | 5 | 9 |
 | Rwanda * | 4 | 3 | 0 | 1 | 7 | 3 | 9 |
 | Mauritanie | 6 | 0 | 0 | 6 | 3 | 19 | 0 |
Groupe9:
Peu de suspense dans ce groupe dominé par le Burkina Faso. La Tunisie, surprise initialement à domicile par les Etalons, enchaîne par 4 victoires et 1 nul et se classe parmi les meilleurs deuxièmes.
| Equ. | MJ | G | N | P | BP | BC | Pts | |
 | Burkina Faso * | 6 | 5 | 1 | 0 | 14 | 5 | 16 |
 | Tunisie * | 6 | 4 | 1 | 1 | 11 | 3 | 13 |
 | Burundi | 6 | 2 | 0 | 4 | 5 | 9 | 6 |
 | Seychelles | 6 | 0 | 0 | 6 | 4 | 17 | 0 |
Groupe10:
L'équipe du Tchad a été disqualifiée de la compétition, faute de présence lors du match à l'extérieur au Soudan, mais continue la compétition. Avant la dernière journée, le Mali et le Congo n'ont besoin que d'un nul pour se qualifier. Les Aigles du Mali ne tremblent pas à domicile face au Tchad, mais les Congolais perdent à Khartoum et laissent la qualification aux Soudanais.
Groupe11:
L'Érythrée a déclaré forfait trois mois avant le début des éliminatoires2. Le Togo est favori mais perd ses deux déplacements et joue sa qualification lors du dernier match, qu'il remporte 6-0 face à une équipe du Swaziland qui aura joué les trouble-fête en restant invaincue à domicile. Les Eperviers se qualifient donc en compagnie de la Zambie qui termine première du groupe.
Groupe12:
L'Égypte se qualifie facilement en remportant tous ses matches à l'exception d'une défaite au Malawi. La deuxième place se joue lors du dernier match entre le Malawi et le Congo, tous deux obligés de gagner pour se classer parmi les meilleurs deuxièmes. LuaLua ouvre rapidement le score pour les Léopards, mais le Malawi renverse la vapeur en seconde période et se qualifie pour la suite de la compétition.
Troisième Tour:
Les 20 équipes encore en lice, ont été réparties en cinq groupes de quatre lors du tirage au sort du 22 octobre 2008 à Zurich. Les vainqueurs des groupes rejoindront l'Afrique du Sud à la Coupe du monde 2010 et l'Angola à la coupe d'Afrique des nations 2010. Les équipes classées deuxième et troisième rejoindront l'Angola à la coupe d'Afrique des nations 2010.
Groupe A:
Le Cameroun est qualifié pour la pour la Coupe du Monde 2010 et la Coupe d'Afrique des Nations 2010.
Le Gabon et le Togo sont qualifiés pour la Coupe d'Afrique des Nations 2010.
Le Maroc est éliminé des deux compétitions.
Le Gabon et le Togo sont qualifiés pour la Coupe d'Afrique des Nations 2010.
Le Maroc est éliminé des deux compétitions.
Groupe B:
Le Nigeria est qualifié pour la Coupe du Monde 2010 et la Coupe d'Afrique des Nations 2010.
Le Kenya est éliminé des deux compétitions.
| Equ. | MJ | G | N | P | BP | BC | Pts | |
 | Nigeria * | 6 | 3 | 3 | 0 | 9 | 4 | 12 |
| Tunisie | 6 | 3 | 2 | 1 | 7 | 4 | 11 |
| Mozambique | 6 | 2 | 1 | 3 | 3 | 5 | 7 |
 | Kenya | 6 | 1 | 0 | 5 | 5 | 11 | 3 |
Groupe C:
L'Algérie et l'Egypte ont terminé cette campagne à égalité parfaite.Ces deux équipes se sont donc départagées lors d'un match d'appui disputé au Soudan, à Omdurman.
L'Algérie est qualifiée pour la Coupe du Monde 2010 et la Coupe d'Afrique des Nations 2010.
L'Egypte et la Zambie sont qualifiées pour la Coupe d'Afrique des Nations 2010.Le Rwanda est éliminé des deux compétitions.
| Equ. | MJ | G | N | P | BP | BC | Pts | |
 | Algérie * | 7 | 5 | 1 | 1 | 10 | 4 | 16 |
 | Egypte | 7 | 4 | 1 | 2 | 9 | 5 | 13 |
 | Zambie | 6 | 1 | 2 | 3 | 2 | 5 | 5 |
| Rwanda | 6 | 0 | 2 | 4 | 1 | 8 | 2 |
Groupe D:
Le Ghana est qualifié pour la Coupe du Monde 2010 et la Coupe d'Afrique des Nations 2010.
Le Mali et le Bénin sont qualifiés pour la Coupe d'Afrique des Nations 2010.Le Soudan est éliminé des deux compétitions.
| Equ. | MJ | G | N | P | BP | BC | Pts | |
 | Ghana * | 6 | 4 | 1 | 1 | 9 | 3 | 13 |
 | Bénin | 6 | 3 | 1 | 2 | 6 | 6 | 10 |
 | Mali | 6 | 2 | 3 | 1 | 8 | 7 | 9 |
 | Soudan | 6 | 0 | 1 | 5 | 2 | 9 | 1 |
Groupe E:
La Côte d'Ivoire est qualifiée pour la Coupe du Monde 2010 et la Coupe d'Afrique des Nations 2010.
Le Burkina Faso et le Malawi sont qualifiés pour la Coupe d'Afrique des Nations 2010.La Guinée est éliminée des deux compétitions.
| Equ. | MJ | G | N | P | BP | BC | Pts | |
| Côte d'Ivoire * | 6 | 5 | 1 | 0 | 19 | 4 | 16 |
| Burkina Faso | 6 | 4 | 0 | 2 | 10 | 11 | 12 |
 | Malawi | 6 | 1 | 1 | 4 | 4 | 11 | 4 |
 | Guinée | 6 | 1 | 0 | 5 | 7 | 14 | 3 |
Lors du match opposant la Côte d'Ivoire au Malawi le 29 mars 2009, une bousculade dans les tribunes fait 19 morts et 132 blessés parmi les spectateurs.